近日，我校生命科學(xué)學(xué)院計(jì)算與整合生物學(xué)團(tuán)隊(duì)在國(guó)際權(quán)威期刊《Journal of Advanced Research》（IF=11.4，綜合性一區(qū)Top）在線(xiàn)發(fā)表了題為 “Unlocking biological insights from differentially expressed genes: Concepts, methods, and future perspectives”的綜述論文。文章系統(tǒng)地闡述了差異表達(dá)基因集（DEGs）分析領(lǐng)域的最新研究進(jìn)展、方法學(xué)及未來(lái)的發(fā)展趨勢(shì)，標(biāo)志著我校在組學(xué)數(shù)據(jù)分析與生物信息學(xué)領(lǐng)域的研究再獲突破。
重慶師范大學(xué)為論文第一完成單位和唯一通訊單位。重慶師范大學(xué)-新橋醫(yī)院計(jì)算與神經(jīng)生物學(xué)聯(lián)合小組成員尹華春博士和我校生命科學(xué)學(xué)院2022級(jí)碩士研究生朵泓睿為第一作者，李勃副教授和郝友進(jìn)教授為通訊作者，陸軍軍醫(yī)大學(xué)、美國(guó)東北大學(xué)、重慶郵電大學(xué)和浙江大學(xué)等單位的研究人員共同參與了此項(xiàng)工作。
隨著高通量組學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展，差異表達(dá)基因集（DEGs）已成為理解復(fù)雜生物學(xué)過(guò)程、揭示重要疾病分子機(jī)制和開(kāi)發(fā)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)策略的最重要線(xiàn)索。然而，面對(duì)日益豐富的組學(xué)數(shù)據(jù)和多樣化的生物學(xué)問(wèn)題，如何精準(zhǔn)識(shí)別和解釋差異表達(dá)基因集仍存在諸多挑戰(zhàn)。在此背景下，文章從多個(gè)角度闡述了DEGs分析的理論和實(shí)踐問(wèn)題，包括：如何從復(fù)雜的組學(xué)數(shù)據(jù)中精準(zhǔn)提取差異表達(dá)基因，如何優(yōu)化算法以提高準(zhǔn)確性和通用性，以及如何通過(guò)多組學(xué)整合實(shí)現(xiàn)生物學(xué)問(wèn)題的全面解析等。同時(shí)，作者結(jié)合大規(guī)模文獻(xiàn)調(diào)研和研究經(jīng)驗(yàn)，提出了多項(xiàng)改進(jìn)策略和研究建議，并強(qiáng)調(diào)了人工智能和機(jī)器學(xué)習(xí)在復(fù)雜數(shù)據(jù)挖掘中的潛在價(jià)值。
研究人員表示，“差異表達(dá)基因集分析并非單一的生物信息學(xué)問(wèn)題，它對(duì)生物學(xué)、醫(yī)學(xué)乃至生態(tài)學(xué)領(lǐng)域的研究均具有深遠(yuǎn)影響。通過(guò)這篇綜述，我們希望為從事組學(xué)研究的學(xué)者提供清晰的思路和有效的理論和技術(shù)支持，同時(shí)也呼吁開(kāi)發(fā)更具創(chuàng)新性的分析方法，推動(dòng)這一領(lǐng)域持續(xù)向前發(fā)展?！痹撜撐牡陌l(fā)表不僅提升了我校在組學(xué)與生物信息學(xué)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)聲譽(yù)，也為研究者理解和利用差異表達(dá)基因開(kāi)辟了新的視角。
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